De Grieks-orthodoxe Kerk mengt zich als beschermer van de geschiedenis op een opmerkelijke manier in het politieke debat over de naam Macedonië.
De naam Macedonië behoort tot de Griekse geschiedenis. Daarom mag de Griekse regering niet zwichten voor internationale druk en die van Skopje om de naam Macedonië door de van Joegoslavië onafhankelijk geworden republiek te laten gebruiken. Met deze uitspraak mengt de Grieks-orthodoxe aartsbisschop van Athene zich actief in de gesprekken van de Griekse regering met de machthebbers in Skopje over de toekomst van de Macedonische Republiek.
Volgens de Grieks-orthodoxe Kerk betekenen toegevingen de miskenning van tientallen eeuwen geschiedenis en een verraad aan het vergoten bloed van de clerus en de Griekse bevolking. Bovendien kan de schismatieke orthodoxe Kerk in de regio de toegeving aangrijpen om zich tot zelfstandige Kerk uit te roepen. De autocefale orthodoxe Kerken weigeren de orthodoxe Kerk in Skopje als zelfstandige Kerk te erkennen. Recent richtte de Bulgaars-orthodoxe Kerk met de Macedonisch-orthodoxe Kerk een werkgroep op om zich over de kerkjuridische status van de orthodoxe Kerk in de nieuwe republiek uit te spreken. Dat moet de plaatselijke kerkgemeenschap ook van het internationale isolement binnen de wereldorthodoxie bevrijden.