Volgens de Soedan-expert Gill Lusk is het islamitisch fundamentalisme opnieuw de staatsideologie van de militaire junta.
Mensenrechtenorganisaties doen een beroep op de internationale gemeenschap om bij de junta erop aan te dringen de geloofsvrijheid te respecteren het overwegend islamitische Soedan. Na de machtswissel door de val van de voormalige militaire leider en president Omar al-Bashir, die bij het Internationaal Strafhof in Den Haag werd aangeklaagd wegens genocide in Darfur, kondigde de overgangsregering aan dat zij een einde zou maken aan de discriminatie van de christelijke minderheid in het land. Maar een jaar geleden greep de islamistisch-militaire junta de macht. Ondanks schijnakkoorden met christelijke leiders werden de invallen in kerken daarna hervat en volgden er arrestaties van bekeerlingen. Ook christelijke hulporganisaties kregen het zwaar te verduren omdat die meestal zwart Afrikaans en niet Arabisch zijn.
Het ministerie van Buitenlandse Zaken van de VS heeft Soedan geschrapt van de lijst van landen met ernstige geloofsvervolging. Maar die ingreep is na de machtsovername door de junta meer dan voorbarig. Sinds het aantreden van de militairen zijn volgens mensenrechtenorganisaties verschillende religieuze leiders aangevallen en gemarteld en kerkelijke eigendommen vernield of in beslag genomen. In het begin van de zomer overleed een katholieke diaken uit Darfur samen met zijn drie kinderen op mysterieuze wijze aan de gevolgen van een vergiftiging, na een bezoek van gewapende veiligheidsagenten. Het voorbije jaar werden ook verschillende kerken platgebrand, zonder dat er opgetreden werd tegen de daders.