Oorspronkelijke was de toren niet voorzien van een gewelf maar waarschijnlijk wel van een platte houten zoldering die toegankelijk was via de trap naast de toren. De dakbedekking van kerktorens buiten de steden bestond in de Middeleeuwen meestal uit stro. Onze toren maakte hierop een uitzondering. Dat weten we omdat in 1553 een nieuw belfort (d.i. het houtwerk dat de klokken draagt) werd vervaardigd en uit de opdracht blijkt dat de toren toen met schalies was bedekt. Het puntdak van de toren was minder scherp dan de huidige spits. De bedekking werd in 1601 vernieuwd na de brand van 1592 die het dak van de toren, inclusief klokken en horloge, vernielde. In 1610 werd een kleine klok opgehangen aan het belfort. Amper één jaar later viel de klok al uit het belfort. Datzelfde jaar moest ook het gewelf van de toren worden geschoord, want het was gedeeltelijk ingevallen.
Dak en toebehoren bleven ook in de 18de eeuw een bron van zorgen. In 1741 moest de bedekking van de toren alweer vernieuwd worden, met een nieuwe vergulde bol onder het torenkruis. Amper 11 jaar later kwam door een felle wind het kruis op de toren scheef te staan. Het timmerwerk aan de toren bleek zo verrot dat beklimmen van de toren levensgevaarlijk geworden was. Na wat getouwtrek over wie de kosten zou dragen werd de torennaald in 1785 verlengd met ongeveer 5,5 meter.
Op 14 september 1944 werd de toren, die door de Duitsers als observatiepost werd gebruikt, vanuit Kemzeke door Poolse artillerie tijdens een eucharistieviering onder vuur genomen met drie treffers. De schade werd in 1949 hersteld, maar sporen van de inslagen zijn nog te zien langs de marktzijde.
De eerste jaren na de wereldoorlog II moest Stekene het stellen met het bescheiden klokkengeluid van een kleine klok. De twee grootste klokken werden immers in 1943 op last van de Duitse overheid in beslag genomen en weggevoerd, ze kwamen niet meer terug. Daar kwam verandering in toen in 1949 de toren verrijkt werd met twee nieuwe klokken: een grote toegewijd aan het H. Kruis (2.093 kg) en een kleinere toegewijd aan O.L.Vrouw (1.166 kg), respectievelijk gestemd in re-bemol en fa. De kleine klok (554 kg) werd opnieuw gegoten en is gestemd in la-bemol.
