Op 28 oktober 2008 werd Mgr. Johan Bonny benoemd tot 22ste bisschop van Antwerpen. Zijn bisschopswijding en ambtsaanvaarding vonden plaats op 4 januari 2009 in de Onze-Lieve-Vrouwekathedraal van Antwerpen.
Interdiocesane taken Vanuit de Belgische bisschoppenconferentie is Mgr. Johan Bonny lid van de bisschoppelijke commissie "Geloof en Kerk" en afgevaardigd bisschop naar de "Katholieke Nationale Commissie voor Oecumene" en naar "Het Overleg van Christelijke Kerken in België". De bisschop is ook lid van de Pauselijke Raad voor de Bevordering van de Eenheid onder de Christenen in Rome.
Verder is hij bisschop-referent voor de oecumene, de universiteits- en hogeschoolpastoraal, voor de KU Leuven, voor de pastoraal bij de binnenscheepvaart en Apostolatus Maris. Eind juni 2024 kondigde de bisschop in een pastorale brief aan om de interdiocesane referentschappen misbruik en onderwijs vanaf 1 september 2024 stop te zetten. Mgr. Bonny blijft voorlopig nog wel voorzitter van de Raad van Bestuur van Katholiek Onderwijs Vlaanderen.
