Vanaf 1874 sprak de jonge Belpaire privékapitaal (verdiend in de wapenindustrie!) aan om lager- en beroepsonderwijs voor volksmeisjes in Antwerpen op te starten. Haar eerste school werd de Anna Bijnsschool, genoemd naar de zestiende-eeuwse Antwerpse dichteres. In de jaren 1890 verschoof haar aandacht naar middelbaar en hoger onderwijs voor burgervrouwen. Tot 1911 vond dit onderwijs plaats in het Frans, maar in de door haar opgerichte Sint-Lutgardisschool werd ook les gegeven in het Nederlands. Hiervoor kreeg ze steun van ondernemer Lieven Gevaert.
Later werd Sint-Lutgardis de eerste school die Nederlandstalige diploma’s secundair onderwijs afleverde. Met haar ruime visie en even ruime financiële middelen ondersteunde juffrouw Belpaire op het einde van de 19de en in de eerste decennia van de 20ste eeuw verscheidene sociale, culturele, opvoedkundige en Vlaamse initiatieven in katholieke kring. Op sociaal vlak richtte ze circa 1899 in samenwerking met Hilda Ram de Constance Teichmannbond op, een Vlaamse damesvereniging met losse bijeenkomsten waar verfranste dames al doende Nederlands en andere talen konden aanleren en konden kennismaken met goede Vlaamse kinderliteratuur. In 1900 werd ze voorzitster van de Mariakrans, een Antwerpse vereniging van parochiale vrouwenmutualiteiten.
Kardinaal
Belpaire werd herhaaldelijk door kardinaal Desiré Mercier geraadpleegd met betrekking tot de Vlaamse kwestie, meer bepaald over de vernederlandsing van het middelbaar onderwijs. Zij schatte de intenties van de kardinaal verkeerd in en dat leidde ertoe dat ze zich als Vlaamsgezinde én diepgelovige katholiek moest distantiëren van het bisschoppelijk beleid. Uiteindelijk zou Mercier, met het oog op de verkiezingen van mei 1910, zijn verzet tegen een vernederlandsing van het middelbaar onderwijs staken.
Als tegengewicht tegen de toenemende invloed van de liberalen en vrijzinnigen in de Vlaamse beweging stichtte Belpaire in 1898 samen met priester-dichter August Cuppens (de auteur van het bekende lied ‘Onze Lieve Vrouw van Vlaanderen’) de katholieke cultuurkring Eigen Leven. Ze financierde binnen dat genootschap de totstandkoming van het Vlaams katholiek literaire tijdschrift Dietsche Warande en Belfort.
Belpaires eigen letterkundig werk is een hulde aan Christus en het christendom, aan de kunst en de schoonheid. In haar Christen Ideaal, formuleerde ze een invloedrijke esthetica van het christelijk reveil in Vlaanderen. Dat lokte een scherpe repliek uit van de bekende liberale intellectueel August Vermeylen.
Tussen 1914 en 1918 verbleef ze, samen met vriendin Louisa Duykers in de (nu verdwenen) ‘villa Swiss Cottage’ in De Panne, vlak naast de villa van het Belgisch vorstenpaar, in onbezet België. Het adres groeide snel uit tot een ontmoetingsplaats van (katholieke) soldaten, priesters, letterkundigen en kunstenaars die achter het front verbleven.
Katholieke Vlaamse Hogeschool voor Vrouwen
De belangrijkste realisatie van Belpaire na de Eerste Wereldoorlog was de oprichting in 1919 van de vzw Katholieke Vlaamse Hogeschool voor Vrouwen (Vandaag Thomas More), die de bekroning vormde van haar pedagogische initiatieven. Omdat Leuven in 1919 nog geen meisjesstudenten toeliet, probeerden zowel Belpaires Antwerpse Hogeschool als het instituut van Marie Haps een katholiek alternatief te bieden aan meisjes die anders naar Gent of Brussel zouden gaan.
Belpaire was zonder meer een katholieke feministe, die grote invloed had op latere generaties. Op haar graf in Deurne staat slechts ‘In Pace Christi’, in de vrede van Christus. Een van haar vele initiatieven was ook de organisatie van een artiestenmis op zondag in de Antwerpse Carolus-Borromeuskerk. Dat initiatief bestaat nog steeds. In 2024 hebben Vlaamse overheidsmedewerkers in Brussel hun intrek genomen in een uniek, integraal toegankelijk, duurzaam én in belangrijke mate circulair gebouw, het Marie-Elisabeth Belpairegebouw.